Tout a été dit, en (très) bon comme en (un peu) mauvais

, mais il faut préciser certaines choses :
- seule une partie assez faible du génome se traduit dans le phénotype ;
- la très grande majorité des mutations génétiques sont silencieuses et ne se traduisent donc par rien au niveau phénotype (parties non codantes, mutations sans effet à différents niveaux), mais peuvent néanmoins préparer l'apparition d'une mutation génétique "majeure", donc même l'anodin peut être important ;
- seules les mutations affectant les cellules germinales peuvent être transmises à la descendance chez les espèces (c'est le cas ici) ne se multipliant pas par voie végétative ;
- les mécanismes de la rusticité constituent un ensemble excessivement complexe de phénomènes qu'on ne peut pas résumer à la simple modification d'une ou quelques protéines ;
- il faut de nombreuses générations en culture pour espérer obtenir une amélioration stable d'un caractère, et les générations de palmiers sont trèsssssssss longues ;
- et on ne parle même pas du déterminisme évoqué par Arashi (dominant/récessif, allèles et compagnie...), la sélection est un boulot de professionnel ;
- les variations individuelles apparaissent ponctuellement, mais c'est la stabilisation du caractère dans la population qui est excessivement longue.
Donc pour en revenir à la question initiale, je pense que oui, la provenance peut affecter la rusticité d'une plante, mais que comme l'a dit Maxime, il faut de très longues (centaines ?) années pour que la rusticité d'une population soit globalement modifiée. On peut éventuellement ramener ce délais à quelques décennies en sélectionnant artificiellement les individus, mais il ne faut pas oublier comme l'a dit Pierre31, que la vitesse de croissance des palmiers est globalement très lente et leur maturité sexuelle tardive. ça va nettement plus vite sur des espèces annuelles !
Donc Thaïlande ou France, c'est a priori pareil puisque les génomes des populations n'ont certainement pas eu le temps d'être modifiés depuis le peu de temps que l'espèce est en culture dans ces deux pays.
Ceci dit et compte tenu de la variabilité individuelle, le lot de graines issus d'individus n'ayant jamais subit de froids doit contenir un certain nombre d'individus atypiques, moins rustiques, donc il me semble que ce lot risque d'être un tout petit peu moins homogène niveau rusticité, même en première génération, puisque les parents n'ont pas été sélectionnés sur ce critère.